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Build Linux

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Linuxでのbuild

CentOS 5.Xでの場合．(それ以外のdistrでも，xulrunnerがちゃんと動くようなら一応動くのでは．未確認．)

Ubuntu amd64では動くようです（Biochem_fanさんに感謝！）． http://pastebin.com/uHcmVrE8

必要なソフトウェア・ライブラリ類のインストール

  • xulrunner SDK
  • BOOST C++ Libraries
  • FFTW
  • CGAL
  • glew

※ライブラリーのうちBOOST以外は特定のモジュールからしか使用されていないので、 以下の例ではなるべくstatic libraryとして作ってリンクするようにしている。 （もちろん全部shared libraryとして作って実行時リンクするようにしても構わない。）

xulrunner SDK

MacOSXの場合と同様．

ftpからdownloadできる． CueMol2のバージョンに合ったバージョンのSDKを用いる必要がある。 2.2.0では23.0.1を使用している。

SDKのほうを，　~/src/xulrunner/xulrunner-sdk/以下に展開する．

Runtimeのほうを，　~/src/xulrunner/xulrunner/以下に展開する．

Xulrunner 23.0.1を使用した場合は，SDKとruntimeを使用すればOK. Sourceからbuildする必要はなかった．

BOOST C++ Libraries

多くのlinux distributionでは，パッケージとしてBOOSTが最初から入っている場合が多い．それでコンパイルできて動く場合は問題ないが，うまくいかない場合は自前で最新版を入れた方がよい．

Version 2.1.0では1.44.0を使用している．ちなみに1.52.0を使用したらconfigureが通らない（他のlibにboost_systemへの依存が出来ているため．要改善）

自前で入れる場合はhttp://www.boost.org/から取得できる． 方法はMacOSXの場合と大体同様． すべてのlibraryのbuildを行う必要はない．~/app/boost以下にインストールされるべくbuild．

ただし，MacOSXの場合と同様にsoが配置されない場合は，手動でコピーする必要有り．

具体的には：まずソースを展開後、bjamをbuildする。

cd boost_1_44_0
./bootstrap.sh --prefix=~/app/boost

次に、bjamでビルドする。以下のようなshell scriptを作成して必要なものだけbuildするようにした。

#!/bin/sh
instpath=~/app/boost
./bjam \
  --prefix=$instpath \
  --exec-prefix=$instpath \
  --libdir=$instpath \
  --includedir=$instpath \
  --with-date_time \
  --with-filesystem \
  --with-iostreams \
  --with-program_options \
  --with-regex \
  --with-system \
  --with-thread \
  link=shared,static threading=multi install

ただし、上記iostreamsはbzip2の開発環境（bzip2-develなど）がinstallされていないとbuildに失敗する。 （iostreamsは使用していないので省いても良いかも）

実際にはinstallしてもうまくいかない。bjamのscriptが期待するdirectory構成と違うようにinstallされてしまうため。以下のようにファイルを移動してcuemolのautoconf scriptから参照しやすいようにした。

  • 1.44では、$instpathに直にインストールされていたので、$instpath/libを作って、そこに移動。
  • include filesも、$instpathに直にインストールされてしまうので、$instpath/includeを作って、boostをそこに移動

FFTWのインストール

http://www.fftw.org/download.htmlから取得可能。

基本的に、configure/makeでOK。あと、defaultでstatic libraryがbuildされるが、それでOK. 最終的にはsoとしてbuildされるため，-fPICは(static libraryであっても)つけておく必要がある．

env CFLAGS="-fPIC -DPIC" \
    ./configure \
    --enable-float \
    --prefix=$HOME/proj/fftw \
    --disable-fortran \
    --disable-shared

CGAL

  • version 3.8を使用
  • CMakeはOSのパッケージのものでOK
  • cmakeの実行
cd CGAL-3.8
cmake -DBOOST_ROOT=$HOME/proj/boost/ \
      -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/proj/CGAL-3.8/ \
      -DBUILD_SHARED_LIBS=FALSE \
      -DCMAKE_CXX_FLAGS="-fPIC -DPIC" .
  • makeの実行
  • make installの実行

※-fPICは入れないとsoとlinkできない

glewのインストール

  • version 1.7.0を使用
  • Sourceを展開して単にmake．configureとかはない．以下のように環境変数GLEW_DESTを指定してinstall先を変更($HOME/proj/glew)．
env GLEW_DEST=$HOME/proj/glew CFLAGS.EXTRA="-fPIC -DPIC" make
env GLEW_DEST=$HOME/proj/glew make install
  • $GLEW_DEST/lib64以下にlibraryがinstallされるが、shared objectは使わないので消しておく。消さないとsoの方が優先的にリンクされてしまう。

※当たり前だがX11やOpenGLの開発パッケージがインストールされている必要がある。
CFLAGS.EXTRAでPICオプションを指定しないと、後々shared libraryとしてリンクできなくなる。

Repositoryからチェックアウト

MacOSXの場合と同様．すなわち，

  • Anonymous (http)
git clone https://github.com/CueMol/cuemol2.git cuemol2
  • 特定ユーザー (ssh)
git clone git@github.com:CueMol/cuemol2.git cuemol2

以下では~/proj/cuemol2以下にcheckoutしたとする．

configureスクリプトの実行とbuild

以下buildは，~/proj/cuemol2/uxbuildにて行うのでcdで移動．

configureを走らせるためのスクリプトrun_config.shが，~/proj/cuemol2/uxbuildにあるので，必要に応じて編集．（これを使わなくても出来なくもないが，いちいちキーボードから入力するのは面倒なので）

library等のインストール位置を上述から変更していない場合は， CVS repositoryにあるrun_config.shは，ライブラリーのインストール位置が 上述と合致しないため，変更が必要．

gecko_sdk_dir=$HOME/src/xulrunner/xulrunner-sdk/
gecko_rt_dir=$HOME/src/xulrunner/xulrunner/
boost_dir=$HOME/app/boost

エラー無くconfigureスクリプトが生成され，さらにMakefileが生成されたら，makeコマンドを実行．buildが行われる．

  • 基本的に出来上がりはすべてso (shared object)になるので環境によっては-PIC -fPIC引数が必要(ubuntu amd64の場合)．

試し実行

make installを行うと，/proj/cuemol2/xul_gui以下に必要なファイル類が配置される．xulrunnerの引数に，/proj/cuemol2/xul_gui/application.iniを与えて起動すれば動くはず．

~/src/xulrunner/xulrunner-sdk/bin/xulrunner ~/proj/cuemol2/xul_gui/application.ini

うまくはしらない場合は，MacOSXの場合と同様

setenv NSPR_LOG_MODULES linker:5

を使うこともできるが，あまり有用な情報は出ない模様． 一方，ld.soの設定LD_DEBUGをつかって

setenv LD_DEBUG libs

とすると，どのsymbolがみつからなくてどのsoのloadがコケたか詳しく出てくる．

インストールパッケージの生成

~/proj/cuemol2/uxbuild/uxdistに移動し、make distを実行するとインストールパッケージ（tar.bz2形式）が作られる。

cd uxdist
make dist

できるファイルは、CueMol2--Linux-Intel64.tar.bz2になる。 このパッケージ中のbin/cuemol2を実行すると起動する。