StepA4

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現在のところ，CueMolには分子表面を計算する機能はありませんが，分子表面生成ソフトMSMSが出力した分子表面データを読み込み表示することが可能です．

MSMSによる分子表面の計算¶

MSMSの入力には，PDBファイルではなくXYZRという形式の座標ファイルが必要です．

MSMSに付属のpdb2xyzrで変換することもできますが， CueMol自体で変換することができます．メニューの"File"→"Save as ..."で"名前を付けて保存"ダイアログを表示し，形式選択コンボボックスで"XYZR coordinates (*.xyzr)"を選択し保存すると， XYZR形式で座標が書き出されます．

ここでは，step1〜4で使用したのと同じブレオマイシン結合たんぱく質の座標から，ブレオマイシンを除いたものを使用します．まずブレオマイシンを除いた座標を作る必要がありますが， UNIX版の場合はPDBファイル"blm_ab_nosec.pdb"をエディタなどで開いて該当行を削除してやります．

Windows版のCueMolでは，GUIを使用して以下のように読み込んだ座標からブレオマイシンを削除できます．

"blm_ab_nosec.pdb"ファイルを読み込む．Read Objectダイアログではsimpleレンダラーを選ぶ．
"Mol property"パレットの"MolSel2"タブをクリックし，文法選択ページを表示させる．
読み込んである分子をMolコンボボックスから選ぶ．
下のテキストエリアに resn blm と入力し，Selectボタンを押すとブレオマイシンが選択される．
メニュー"Edit"→"Delete selection"（あるいはツールバーの×ボタン）を選択すると選択部分が削除される
"File"→"Save as..."でXYZR形式で保存．

次に，変換した座標ファイルを使用して実際に分子表面データを生成します． MSMSの起動時に"-h"オプションを指定するとコマンドラインオプションの説明が表示されます．そのうち主に使用するのは，

probe_radius 数値

プローブの半径を指定する
density 数値

生成される分子表面データの細かさ
if ファイル名

入力ファイル名
of ファイル名

出力ファイル名

でしょう．

C:\molsurf>msms253.exe -density 3 -if blm.xyzr -of blm
MSMS  started on Local PC
Copyright M.F. Sanner (1994)
Compilation flags
INPUT  blm.xyzr 1884 spheres 0 collision only, radii  1.600 to  1.980
PARAM  Probe_radius  1.500 density  3.000
REDUCED SURFACE ...
... (略) ...
MSMS terminated normally

上記の例では，-densityオプションを使用してデフォルト値1.0より細かさを上げています． densityは小さい分子だと３以上にしても問題ないですが，リボソームなど大きい分子でデフォルト以上にするのは（マシンスペックによりますが）やめといたほうがいいでしょう．

あと，遠くから見た図を作るのであればデフォルト値で十分ですが，クローズアップした図を作る場合は3以上にしたほうがポリゴンが目立たなくなります．

上記の実行の結果，"blm.face"と"blm.vert"，2つのファイルが出来上がります．表示にはファイル両方とも必要です．

MSMS形式の読込と分子表面の表示¶

以下のスクリプトでMSMSのファイルを読み込んで表示します．(blmsurf_1.qs)

01: $pwd = sys.getScriptPath();
02: 
03: $surf = readMSMS($pwd+"blm.face", "surf");
04: $r_sf = $surf.createRend("r_sf", "molsurf");
05: 
06: $mol = readPDB($pwd+"blm_ab_nosec.pdb","blm_ab");
07: 
08: $mol.select(%{resn blm%});
09: $r_blm = $mol.createRend("r_blm", "ballstick");
10: $r_blm.setProp("sphr", 0.5);
11: $r_blm.setProp("bondw", 0.4);
12: 
13: gfx.setCenter($r_blm.getCenter());
14: gfx.updateView();

:行番号|

03: readMSMS()関数でMSMS形式のファイルを読み込む． (この関数を使用するにはデータファイルのリリースが20030401以降のものが必要)． .faceファイルのみ指定しているが，読み込み時には同じディレクトリから.vertファイルも読み込まれるので必ず両ファイルとも同じ位置にある必要がある．さらに，オブジェクト名を"surf"にし，それへの参照を$surfに格納．
04: 分子表面のレンダラー"molsurf"を作成している．ここではレンダラーに対しては何も設定していないのでデフォルトの白色で表示されているが，"defcol"プロパティーでデフォルト色を設定できる． molsurfは，デフォルト色でのベタ塗り以外に，表面電荷による着色も可能だが，それ以外の塗り方は現在のところ実装されていない．
08-11: ブレオマイシンのボールアンドスティックモデルを表示している．

色の変更など¶

単純なべた塗り色の変更は，レンダラー(molsurf)のdefault色プロパティーdefcolを変更することで行えます．

$r_sf.setProp("defcol", color(1,0,0));

molsurfレンダラーには，複雑な着色を行うために様々なプロパティーがありますが，それらについては，

で説明しています．