MolSelSyntax
分子選択文のリファレンス¶
QScript中では，se★と★((★は空白文字， 数字，アルファベット以外の任意の文字)) で挟まれた文字列は分子の選択式であるとして解釈されます（ただし左側と右側の★は同じ文字）．
また，GUIの中にも，分子の選択文を入力する場面があります． この場合は，se★と★等は不要で，選択文の内容自体を入力します．
se/chain A and resn ALA/
se/B.100:120.C,N,O,CA/
選択文は選択式からなっており， 選択式は選択リテラルと選択演算子から構成されています．
一方，選択リテラルの一部のものは 名前リストと数値リスト等を含んでいます． ここでは，これら個々の要素について説明します．
名前リスト¶
"name" [, "name", ...]
名前リストは"name"あるいは"name"をカンマで区切ったリストからなる． "name"は，アルファベット，数字，アンダースコア(_)からなる文字列である．
数値リスト¶
"range" [, "range", ...]
"range" := "number" | "number1":"number2"
数値リストは"range"あるいは"range"をカンマで区切ったリストからなる． さらに，"range"は単独の整数値("number")あるいは 二つの整数値"number1":"number2"からなる． 後者は，"number1"以上"number2"以下の整数の範囲を表している．
1, 3:10, 51
上記は1,3,4,...,9,10,51の整数値の集合をあらわす．
選択リテラル¶
選択リテラルには， いろいろある．
全選択¶
all
*
分子中の原子すべての選択を表す．
空選択¶
none
空の選択集合を表す．
元素による選択¶
elem [名前リスト]
e; [名前リスト]
[名前リスト]で示される元素名を持つ原子すべてが選択される．
e; C,N,O
分子中の炭素，窒素，酸素原子が選択される．
原子名による選択¶
name [名前リスト]
n; [名前リスト]
[名前リスト]で示される原子名を持つ原子すべてが選択される．
n; CA,N,O
分子中の，CA, N, Oという原子名を持つ原子すべてが選択される． 通常は，蛋白の主鎖α位炭素，アミド窒素，カルボニル酸素原子である．
残基名による選択¶
resn [名前リスト]
r; [名前リスト]
[名前リスト]で示される残基名を持つ残基中の原子すべてが選択される．
r; ARG,LYS
分子中のARG（アルギニン）とLYS（リジン）残基が選択される．
残基番号による選択¶
resn [数値リスト]
i; [数値リスト]
[数値リスト]で示される残基番号を持つ残基中の原子すべてが選択される．
i; 3,5,10:20
残基番号3,5,10〜20をもつ残基がすべて選択される．
残基プロパティーによる選択¶
rprop [名前１]=[名前２]
[名前１]で示される残基プロパティーが， [名前２]で示される値である残基中の原子すべてが選択される．
rprop secondary=helix
残基プロパティー「secondary」が「helix」である残基中の 全原子が選択される．
チェイン名による選択¶
chain [名前リスト]
c; [名前リスト]
[名前リスト]で示される名前を持つチェイン中の全原子が選択される．
c; A,B
チェインAとBが選択される．
温度因子による選択¶
bfac "comp_op" "number"
"comp_op" := "<"|">"|"="
"comp_op"と"number"で指定した値の温度因子を持つ原子が選択される． "number"は実数値である．
bfac>50.0
温度因子が50より大きい原子が選択される．
占有率による選択¶
occ "comp_op" "number"
"comp_op" := "<"|">"|"="
"comp_op"と"number"で指定した値の占有率を持つ原子が選択される． "number"は実数値である．
occ>0.5
占有率が0.5より大きい原子が選択される．
階層表記(hierarchcal notation)¶
"chain_names"."resid_nums"."atom_names"
"chain_names" := [名前リスト1] | "*"
"resid_nums" := [数値リスト] | "*"
"atom_names" := [名前リスト2] | "*"
[名前リスト1]で示される名前を持つチェイン中の， [数値リスト]の範囲の残基の， [名前リスト2]の原子名を持つ原子が選択される． "*"を指定した場合は，すべてのチェイン／残基／原子が選択対象になる．
この表記法は
chain "chain_names" and resid "resid_nums" and name "atom_names"
と等価である．
A.1:100.CA,CB
チェインAの残基番号1〜100の，α・β位炭素が選択される．
*.5,6,7.*
全チェインの残基番号5,6,7の残基中の全原子が選択される． すなわち，
resid 5,6,7
と等価である．¶
選択演算子¶
選択演算子には，AND演算子，OR演算子，NOT演算子，AROUND演算子，BYRES演算子があります．
AND演算子¶
[式1] and [式2]
[式1] & [式2]
式1と式2であらわされる選択集合の積集合からなる選択集合を作成する．
chain A and resn ALA
分子中の，チェインAに属するALA残基のみが選択される．
OR演算子¶
[式1] or [式2]
[式1] | [式2]
式1と式2であらわされる選択集合の和集合からなる選択集合を作成する．
chain A or resn ALA
分子中のチェインA全体と，すべてのALA残基が選択される．
NOT演算子¶
not [式1]
! [式1]
式1であらわされる選択集合の補集合からなる選択集合を作成する．
not resn ALA
分子中のALA残基以外すべてが選択される．
AROUND演算子¶
[式1] around [実数値]
[式1]であらわされる選択集合から[実数値]Å以内にある原子の集合からなる 選択集合を返す． [式1]自体の選択集合は含まれない点に注意．
chain A around 3.5
チェインAから3.5Å以内にある原子の集合が選択される． チェインA自体は選択されない．
BYRES演算子¶
byres [式1]
[式1]の選択集合が残基単位に拡張される．
byres name SD
原子名SDを持つ原子の集合が，残基単位の選択に拡張される． 蛋白の場合，結果として，メチオニン(Met)残基がすべて選択されることになる．