FileReaderOptions

ファイル読込み時のOptionについて¶

ファイルを開くときに，選択しているファイル形式に応じたオプションを（もしあれば）設定できるようにしました．

上図のファイルを開くダイアログで，ファイルのタイプに対応したオプションがあればまるで囲ったOptionsボタンが有効になります．（現在ＰＤＢのみにオプションがありますが，今後必要に応じて増やす予定です）

PDBファイル読込み時のOption¶

例えばＰＤＢ形式が選択されている状態でOptionsを押すと，以下のようなダイアログが表示されます．

例えば，デフォルトではNMR等の複数モデル構造は，最初のモデル(MODEL〜ENDMDLで囲まれていない部分)のATOMのみ読み込まれますが，上記"Load NMR multiple models"check boxをONにすると，全てのモデルが読み込まれます(但しチェインとして読込まれる)．

あと，二次構造をONにしていると，二次構造が構造から計算されます．もしPDBファイルにHELIX/SHEETレコードが書かれていても，それらは無視されて，構造から計算されるようになります．

QScriptによる読込み時Option¶

QScriptからファイルを読み込む場合にも，上記と同様のオプションを指定することができます．

$mol = qobj.readObj("PDBFileReader", "ファイル名", "オブジェクト名", {...});

qobj.readObj()メソッドは，ファイルを読み込む為の低レベルなメソッドです．通常使うreadPDB等はこれを呼び出す関数として(startup.qsで)定義されています．最後の{}内に，{オプション名=>値, オプション名=>値, ...}を記述すると，オプションに対する値を指定した上で，ファイルが読み込まれます．

$mol = qobj.readObj("PDBFileReader", "ファイル名", "オブジェクト名", {build2ndry=>false});

よって，上記のようにしてPDBファイルを読み込むと，二次構造が再計算されなくなります．

$mol = qobj.readObj("PDBFileReader", "ファイル名", "オブジェクト名", {build2ndry=>false, loadmodel=true});

さらに，上記のようにしてPDBファイルを読み込むと，二次構造が再計算されなくなり，かつNMRの複数モデルが(chainとして)読み込まれます．

ただし，二次構造を読み込まない場合は良くあると考えられるので，関数readPDB_nosecも用意されています．

$mol = readPDB_nosec("ファイル名", "オブジェクト名")

これは，startup.qsで定義されており，readPDBマクロ等と使い方は同じです．